工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对

美堂蛮（神奈延年音）和天野银次（森久保祥太郎音）是一对拥有神奇能力的好搭档。继承了欧洲女巫血统的阿蛮可以让与他对视的人在一分钟内产生幻觉，他的“蛇咬”更是威力无比；具有双重人格的银次宛如电鳗，可以在瞬

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列

阳光明媚的一天，柯南（高山南配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎（小山力也配音）来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态

久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使

母亲要杀他,这个冲击让伊达京介觉醒潜在能力。在京介觉得失意时,岬真夜这个让人忍不住关怀的女子出现在他面前。两人关系越来越密切此时,迷的突变体军团「hospitaru」(ホスピタル)和巨大企业「桐原体」