明治时代初期，挫败了志志雄一伙的阴谋之后，曾经的刽子手拔刀斋绯村剑心（佐藤健 饰）终于和阿薰（武井咲 饰）、左之助（青木崇高 饰）等朋友们迎来了短暂的和平时光。然而曾经那个混乱时代所种下的因，终究要在

第二次世界大战前夕，一名普通的陆军士兵（龟梨和也 饰）因帮助同伴而殴打长官，随后被军事法庭判处死刑。关键时刻，名叫结城（伊势谷友介 饰）的神秘男子突然出现，并将之吸纳进专门培养间谍的秘密部门——D机关

16世纪末4月的一天，暴雨浸淫下的京都，某座并不起眼的宅邸内，一代名流的人生正走向尽头。房屋的主人乃是举世尊奉的茶道宗师千利休（市川海老藏 饰），遥想当年，他在战国乱世得到了织田信长（伊势谷友介 饰）

犯下罪行的五位女子，与憎恨犯罪监狱的女教官。原本看似不相容的两方，双方竟开始互通心思，为了替狱中一位背上杀人冤罪的女囚洗清冤屈，而联手策画了一桩向某位男人的复仇计划。然而，执行计划的过程中却状况百出…

出身于贵族家庭的大庭叶藏（生田斗真 饰）容貌清秀，气质不凡，但他似乎对周遭的人与事充满了焦虑和不安，于是经常有意做出拙劣、愚蠢的事来将自己深深地隐藏起来。所有人中，只有原本陌生的同学竹一看透了他的心思

为了救神谷薰（武井咲饰），绯村剑心（佐藤健饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也饰）的巨大差距，为了拯救全

第二次世界大战前夕，一名普通的陆军士兵（龟梨和也 饰）因帮助同伴而殴打长官，随后被军事法庭判处死刑。关键时刻，名叫结城（伊势谷友介 饰）的神秘男子突然出现，并将之吸纳进专门培养间谍的秘密部门——D机关